Il 15 febbraio 1864 Gerard Adriaan Heineken ottiene da sua madre l'autorizzazione all'acquisto del birrificio De Hooiberg, attivo ad Amsterdam sin dal 1592.  Il 15 febbraio dell'anno successivo viene fondata l'Heineken & Co che nel 1873 diventerà Heineken's Bierbrouwerij Maatschappij NV, con lo stesso Heineken come maggior azionista.

Nel 1869 Heineken decide di sviluppare una tecnica simile a quella bavarese per la fermentazione a basse temperature per ottenere una birra più chiara e a più lunga conservazione. Nel 1874 viene aperto un secondo stabilimento a Rotterdam per far fronte all'aumento delle richieste. Con la morte di Heineken, avvenuta nel 1893, la proprietà della compagnia passa alla moglie Marie Tindal che la gestisce fino al 1914 quando le subentra il figlio Henry Pierre Heineken. Nel 1927 viene acquistato il birrificio belga Léopold, con sede a Bruxelles. Nel 1931 partecipa, in joint-venture con la Fraser & Neave, alla creazione della Malayan Breweries Ltd, con sede a Singapore.

Negli anni '30 vengono aperte sussidiarie anche nel Congo belga, in Egitto e a Giava.Nel 1933, grazie all'azione dell'importatore Leo van Munching, che lavorava su una linea di navi che facevano la spola tra i Paesi Bassi e gli Stati Uniti, Heineken diventa la prima birra straniera ad essere importata negli Stati Uniti d'America alla fine del proibizionismo, per l'occasione il New York Times scrive 'il primo carico legale di birra da tredici anni è arrivato. Questa birra è l'Heineken. Nel 1948 viene modificato il logo della compagnia con l'inclinazione verso l'alto delle 3 « e » della parola Heineken con l'obiettivo di apparire sorridenti. Negli anni '70 inizia una serie di acquisizioni di produttori di birra europei: per prima la francese Brasserie de l’Espérance con sede a Schiltigheim. Viene poi acquisita l'italiana Dreher. Le acquisizioni continueranno negli anni a seguire in tutti i paesi d’Europa e non solo. Murphy in Irlanda, Moretti ancora in Italia, Krusovice, Rodic, il gruppo FEMSA in Messico, Asian Pacific Brewery. L’innovazione tecnologica e il rispetto dell’ambiente, grazie a stabilimenti sempre più all’avanguardia nell’ottica del motto “Brewing a better future”, sono tra le caratteristiche di questo marchio apprezzato in tutto il mondo.